Si e' poi sviluppata una doppia autorità, in condivisione sia con il principe-Vescovado di Liegi che con il Ducato di Brabante che ha mantenuto una sovranità congiunta sulla città. Ha ricevuto i diritti di città nel 1204. Il ruolo dei Duchi è stato occupato dagli Stati Generali olandese dal 1632 in poi, quando la città è stata occupata dallo spagnolo Frederik Hendrik. Molto precoce fu lo sviluppo economico, dovuto all'industria tessile, ai primi del Duecento. Un secolo dopo, la città dovette dotarsi di una nuova cinta muraria a causa della rapidissima espansione. Altrettanto precoce fu il declino, iniziato nel Quattrocento e legato alla posizione strategica di Maastricht: trasformata in piazzaforte, subì una serie impressionante di assedi fino al 1794, quando fu annessa alla Francia. Infatti, l'importante posizione strategica di Maastricht in quella che fu una Repubblica olandese ha portato alla costruzione di un'impressionante serie di fortificazioni intorno alla città.
L'assedio più famoso ebbe luogo durante il mese di giugno 1673 nella guerra franco-olandese, durante il quale, uno degli ingegneri più famosi della storia militare, Vauban, sperimento' dei metodi con cui riusci' ad abbattere le fortificazioni circostanti. Un sistema che rimase in vigore fino al ventesimo secolo. In quell'occasione le truppe di Luigi XIV circondarono la citta'. Sotto la guida del Capitano di Vascello Charles de Batz de Castelmore, noto anche come d'Artagnan, si parlo' per la prima volta de la compagnia dei Moschettieri, le cui vicende furono riportate dall'omonimo romanzo. D'Artagnan fu ucciso da un colpo di fucile sparato il 25 giugno 1673 nel corso di un attacco notturno alla Porta Tongerse. Maastricht si arrese alle truppe francesi il 30 giugno che la occuparono dal 1673 al 1678. Dopo un periodo in cui venne ripristinata l'autorita' olandese, fu successivamente ancora oggetto di dominio francese nel 1748, nella guerra di successione austriaca, ma lo stesso anno ritorna ancora ad essere olandese. Nel 1794 fu riannessa all'impero francese divenendo capitale del dipartimento francese della Mosa-Inférieure. Fa parte definitivamente del territorio olandese dal 1814.
Nel ventesimo secolo la citta' non sfuggi' alla seconda guerra mondiale che fu rapidamente conquistata dai tedeschi il 10 maggio 1940 durante la Battaglia di Maastricht, ma il 14 settembre, 1944 fu la prima città olandese ad essere liberata dalle forze alleate. La seconda metà del secolo ha visto un calo delle industrie tradizionali e un passaggio a dei servizi piu' orientati all'economia.
La città ha anche svolto la sua parte nella storia moderna: nel 1992 il trattato omonimo è stato negoziato e sottoscritto a Maastricht, portando alla creazione della Unione Europea e a sua volta alla nascita dell'euro. Oggi è una città moderna ed un centro del design e della tecnologia. Negli ultimi 5 anni splendidi palazzi come il Regent, l'Admirant e la Vestedatoren hanno cambiato il suo aspetto.